MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Erwinia amylovora CFBP1430 plasmid pEA29

Total Repeats: 367

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013957	AGT	2	6	33	38	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615523
2	NC_013957	CCT	2	6	51	56	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	291615523
3	NC_013957	CAG	2	6	123	128	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615523
4	NC_013957	A	6	6	244	249	100 %	0 %	0 %	0 %	291615523
5	NC_013957	CAG	2	6	333	338	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615523
6	NC_013957	TGA	2	6	339	344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615523
7	NC_013957	CG	3	6	630	635	0 %	0 %	50 %	50 %	291615523
8	NC_013957	A	6	6	679	684	100 %	0 %	0 %	0 %	291615523
9	NC_013957	TGC	2	6	780	785	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615523
10	NC_013957	TGA	2	6	956	961	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615523
11	NC_013957	A	6	6	982	987	100 %	0 %	0 %	0 %	291615523
12	NC_013957	ACC	2	6	1374	1379	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615524
13	NC_013957	TGC	2	6	1389	1394	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615524
14	NC_013957	CCG	2	6	1459	1464	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615524
15	NC_013957	CGG	2	6	1478	1483	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615524
16	NC_013957	TGA	2	6	1528	1533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615524
17	NC_013957	GTG	2	6	1565	1570	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291615524
18	NC_013957	CAC	2	6	1611	1616	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615524
19	NC_013957	CGG	2	6	1649	1654	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615524
20	NC_013957	CATT	2	8	1711	1718	25 %	50 %	0 %	25 %	291615525
21	NC_013957	ATT	2	6	1790	1795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	291615525
22	NC_013957	A	6	6	1824	1829	100 %	0 %	0 %	0 %	291615525
23	NC_013957	TCA	2	6	2828	2833	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615526
24	NC_013957	GAG	2	6	2856	2861	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291615526
25	NC_013957	CTG	2	6	2895	2900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615526
26	NC_013957	TCT	2	6	2963	2968	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615526
27	NC_013957	ACT	2	6	3020	3025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615526
28	NC_013957	CAAAC	2	10	3891	3900	60 %	0 %	0 %	40 %	291615527
29	NC_013957	TAACAG	2	12	3913	3924	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	291615527
30	NC_013957	CGC	2	6	3947	3952	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615527
31	NC_013957	GCT	2	6	3980	3985	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615527
32	NC_013957	CTT	2	6	4015	4020	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615527
33	NC_013957	TGT	2	6	4027	4032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	291615527
34	NC_013957	TAA	2	6	4071	4076	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	291615527
35	NC_013957	TCA	2	6	4407	4412	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615528
36	NC_013957	TCAG	2	8	4777	4784	25 %	25 %	25 %	25 %	291615529
37	NC_013957	CCCG	2	8	4892	4899	0 %	0 %	25 %	75 %	291615529
38	NC_013957	CCGGCA	2	12	4939	4950	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	291615529
39	NC_013957	GTGC	2	8	5014	5021	0 %	25 %	50 %	25 %	291615529
40	NC_013957	CGG	2	6	5090	5095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615529
41	NC_013957	GAT	2	6	5114	5119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615529
42	NC_013957	CTC	2	6	5142	5147	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	291615529
43	NC_013957	GGGC	2	8	5184	5191	0 %	0 %	75 %	25 %	291615529
44	NC_013957	TGA	2	6	5290	5295	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615529
45	NC_013957	GC	3	6	5298	5303	0 %	0 %	50 %	50 %	291615529
46	NC_013957	GCTG	2	8	5420	5427	0 %	25 %	50 %	25 %	291615529
47	NC_013957	CTG	2	6	5561	5566	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615529
48	NC_013957	CTT	2	6	5582	5587	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615529
49	NC_013957	ATG	2	6	5770	5775	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615530
50	NC_013957	CGG	2	6	5789	5794	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615530
51	NC_013957	CCA	2	6	5849	5854	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615530
52	NC_013957	CGA	2	6	5856	5861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615530
53	NC_013957	CG	3	6	5869	5874	0 %	0 %	50 %	50 %	291615530
54	NC_013957	GCT	2	6	5937	5942	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615530
55	NC_013957	CAG	2	6	5968	5973	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615530
56	NC_013957	ATG	2	6	5992	5997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615530
57	NC_013957	TC	3	6	6162	6167	0 %	50 %	0 %	50 %	291615530
58	NC_013957	GCG	2	6	6206	6211	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615530
59	NC_013957	CTG	2	6	6223	6228	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615530
60	NC_013957	GCA	2	6	6288	6293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615530
61	NC_013957	GGT	2	6	6333	6338	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291615530
62	NC_013957	GCC	2	6	6388	6393	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615530
63	NC_013957	GTGACC	2	12	6394	6405	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	291615530
64	NC_013957	GCG	2	6	6424	6429	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615530
65	NC_013957	GCG	2	6	6448	6453	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615530
66	NC_013957	A	7	7	6456	6462	100 %	0 %	0 %	0 %	291615530
67	NC_013957	TG	3	6	6463	6468	0 %	50 %	50 %	0 %	291615530
68	NC_013957	GGCGGA	2	12	6504	6515	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	291615530
69	NC_013957	TGC	2	6	6522	6527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615530
70	NC_013957	GCG	2	6	6604	6609	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615530
71	NC_013957	AG	3	6	6649	6654	50 %	0 %	50 %	0 %	291615530
72	NC_013957	CGA	2	6	6720	6725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615530
73	NC_013957	TGC	2	6	6770	6775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615530
74	NC_013957	GGC	2	6	6778	6783	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615530
75	NC_013957	ACT	2	6	6806	6811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615530
76	NC_013957	GAT	2	6	6901	6906	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615530
77	NC_013957	CGG	2	6	6951	6956	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615530
78	NC_013957	TGG	2	6	7065	7070	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291615530
79	NC_013957	GAA	2	6	7074	7079	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	291615530
80	NC_013957	TGGA	2	8	7144	7151	25 %	25 %	50 %	0 %	291615530
81	NC_013957	CTC	2	6	7182	7187	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	291615531
82	NC_013957	CGGT	2	8	7190	7197	0 %	25 %	50 %	25 %	291615531
83	NC_013957	CGTTAA	2	12	7206	7217	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	291615531
84	NC_013957	CAC	2	6	7317	7322	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615531
85	NC_013957	CGG	2	6	7446	7451	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615532
86	NC_013957	AGC	2	6	7519	7524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615532
87	NC_013957	CCA	2	6	7536	7541	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615532
88	NC_013957	AGC	2	6	7543	7548	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615532
89	NC_013957	TGC	2	6	7553	7558	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615532
90	NC_013957	GCA	2	6	7625	7630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615532
91	NC_013957	AT	3	6	7646	7651	50 %	50 %	0 %	0 %	291615532
92	NC_013957	CCA	2	6	7704	7709	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615532
93	NC_013957	ACAG	2	8	7710	7717	50 %	0 %	25 %	25 %	291615532
94	NC_013957	TAAT	2	8	7746	7753	50 %	50 %	0 %	0 %	291615532
95	NC_013957	GGC	2	6	7768	7773	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615532
96	NC_013957	CGG	2	6	7806	7811	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615532
97	NC_013957	CAA	2	6	7812	7817	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291615532
98	NC_013957	CCG	2	6	7860	7865	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615532
99	NC_013957	TGA	2	6	7914	7919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615532
100	NC_013957	TGA	2	6	7947	7952	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615532
101	NC_013957	GCTG	2	8	8025	8032	0 %	25 %	50 %	25 %	291615532
102	NC_013957	GTT	2	6	8076	8081	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	291615532
103	NC_013957	TGG	2	6	8085	8090	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291615532
104	NC_013957	TTC	2	6	8119	8124	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615532
105	NC_013957	GCTG	2	8	8130	8137	0 %	25 %	50 %	25 %	291615532
106	NC_013957	TGC	2	6	8193	8198	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615532
107	NC_013957	CAG	2	6	8251	8256	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615532
108	NC_013957	TGC	2	6	8270	8275	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615532
109	NC_013957	CCA	2	6	8277	8282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615532
110	NC_013957	GGATG	2	10	8283	8292	20 %	20 %	60 %	0 %	291615532
111	NC_013957	CCT	2	6	8303	8308	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	291615532
112	NC_013957	CCT	2	6	8322	8327	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	291615532
113	NC_013957	TGC	3	9	8329	8337	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615532
114	NC_013957	GAG	2	6	8425	8430	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291615532
115	NC_013957	ATG	2	6	8435	8440	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615532
116	NC_013957	T	7	7	8503	8509	0 %	100 %	0 %	0 %	291615532
117	NC_013957	T	7	7	8578	8584	0 %	100 %	0 %	0 %	291615532
118	NC_013957	GAT	2	6	8645	8650	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615532
119	NC_013957	GAC	2	6	8666	8671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615532
120	NC_013957	GTTTT	2	10	8740	8749	0 %	80 %	20 %	0 %	291615532
121	NC_013957	T	6	6	8746	8751	0 %	100 %	0 %	0 %	291615532
122	NC_013957	ATC	2	6	8786	8791	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615532
123	NC_013957	AAGA	2	8	8933	8940	75 %	0 %	25 %	0 %	291615532
124	NC_013957	TCT	2	6	9437	9442	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615533
125	NC_013957	GC	3	6	9451	9456	0 %	0 %	50 %	50 %	291615533
126	NC_013957	GCT	2	6	9540	9545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615533
127	NC_013957	GCCA	2	8	9546	9553	25 %	0 %	25 %	50 %	291615533
128	NC_013957	GTC	2	6	9623	9628	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615533
129	NC_013957	TGG	2	6	9630	9635	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291615533
130	NC_013957	ATTT	2	8	10229	10236	25 %	75 %	0 %	0 %	291615534
131	NC_013957	CT	3	6	10363	10368	0 %	50 %	0 %	50 %	291615534
132	NC_013957	AGGA	2	8	10578	10585	50 %	0 %	50 %	0 %	291615534
133	NC_013957	GA	3	6	10584	10589	50 %	0 %	50 %	0 %	291615534
134	NC_013957	GGC	2	6	10622	10627	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615534
135	NC_013957	GC	3	6	10640	10645	0 %	0 %	50 %	50 %	291615534
136	NC_013957	TGG	2	6	10768	10773	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291615534
137	NC_013957	GA	3	6	10801	10806	50 %	0 %	50 %	0 %	291615534
138	NC_013957	CTT	2	6	10873	10878	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615534
139	NC_013957	AAG	2	6	10910	10915	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	291615534
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142	NC_013957	CA	3	6	11123	11128	50 %	0 %	0 %	50 %	291615534
143	NC_013957	AC	3	6	11194	11199	50 %	0 %	0 %	50 %	291615534
144	NC_013957	TGA	2	6	11284	11289	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615534
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156	NC_013957	GCC	2	6	12102	12107	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615535
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159	NC_013957	GCC	2	6	12253	12258	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615535
160	NC_013957	CCA	2	6	12293	12298	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615535
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172	NC_013957	CG	3	6	12684	12689	0 %	0 %	50 %	50 %	291615536
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258	NC_013957	CGGTT	2	10	18391	18400	0 %	40 %	40 %	20 %	291615546
259	NC_013957	GCC	2	6	18401	18406	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615546
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261	NC_013957	GATA	2	8	18499	18506	50 %	25 %	25 %	0 %	291615546
262	NC_013957	CTG	2	6	18524	18529	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615546
263	NC_013957	CTG	2	6	18644	18649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615546
264	NC_013957	CGGC	2	8	18703	18710	0 %	0 %	50 %	50 %	291615546
265	NC_013957	ATG	2	6	18723	18728	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615546
266	NC_013957	ACA	2	6	18800	18805	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291615546
267	NC_013957	TGA	2	6	18840	18845	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615546
268	NC_013957	AGCA	2	8	19203	19210	50 %	0 %	25 %	25 %	291615547
269	NC_013957	CAA	2	6	19263	19268	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291615547
270	NC_013957	ATA	2	6	19292	19297	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	291615547
271	NC_013957	CTT	2	6	19300	19305	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615547
272	NC_013957	CAAA	2	8	19380	19387	75 %	0 %	0 %	25 %	291615547
273	NC_013957	CCT	2	6	19404	19409	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	291615547
274	NC_013957	TGC	2	6	19431	19436	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615547
275	NC_013957	A	7	7	19440	19446	100 %	0 %	0 %	0 %	291615547
276	NC_013957	AATA	2	8	19519	19526	75 %	25 %	0 %	0 %	291615547
277	NC_013957	TAT	2	6	19543	19548	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	291615547
278	NC_013957	AATG	2	8	19692	19699	50 %	25 %	25 %	0 %	291615547
279	NC_013957	TAA	2	6	19704	19709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	291615547
280	NC_013957	GAT	2	6	19744	19749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615547
281	NC_013957	GTT	2	6	19804	19809	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	291615547
282	NC_013957	A	7	7	19830	19836	100 %	0 %	0 %	0 %	291615547
283	NC_013957	TGA	2	6	20221	20226	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615548
284	NC_013957	CAG	2	6	20273	20278	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615548
285	NC_013957	AGT	2	6	20296	20301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615548
286	NC_013957	TGCG	2	8	20314	20321	0 %	25 %	50 %	25 %	291615548
287	NC_013957	GGTA	2	8	20323	20330	25 %	25 %	50 %	0 %	291615548
288	NC_013957	TCG	2	6	20424	20429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615548
289	NC_013957	GGCA	2	8	20435	20442	25 %	0 %	50 %	25 %	291615548
290	NC_013957	CAC	2	6	20464	20469	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615548
291	NC_013957	CTT	2	6	20491	20496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615548
292	NC_013957	GAC	2	6	20506	20511	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615548
293	NC_013957	AC	3	6	20510	20515	50 %	0 %	0 %	50 %	291615548
294	NC_013957	TCA	2	6	20557	20562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615548
295	NC_013957	GCT	2	6	20575	20580	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615548
296	NC_013957	GGC	2	6	20607	20612	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615548
297	NC_013957	GCG	2	6	20633	20638	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615548
298	NC_013957	TCT	2	6	20643	20648	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615548
299	NC_013957	GAA	2	6	20681	20686	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	291615548
300	NC_013957	CAT	2	6	20818	20823	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615548
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302	NC_013957	CAG	2	6	20897	20902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615548
303	NC_013957	TGG	2	6	20911	20916	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291615548
304	NC_013957	CAG	2	6	20954	20959	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615548
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367	NC_013957	AAT	2	6	25663	25668	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	291615551

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.